未发酵粪便，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
硬质板结的土壤质地或散沙状的砂质土壤要种植蔬菜、果树或中药等作物是非常困难的（极个别作物除外，例如：黄精种植）。若在田里混入有机肥，有机肥就会成为微生物的食物，有利于微生物的繁殖。细菌、真菌类、各种昆虫、蚯蚓等大小不同的生物开始活动。
此时透过微生物分泌的黏液，在微观的土壤中，离子结构成为小小的团状。这样的土壤成为团粒结构，非常适合作物的生长。
因为团子和团子之间的空隙，能使通气性、排水性良好。同时一个一个的团子也能贮存水分，保水性也很好。
在这样的土壤中有许多的微生物，彼此之间形成相互推挤的平衡。因此，就不会有恶性的微生物繁殖，就像人体的肠道一样，有益微生物与有害微生物达到平衡。同时混入有机肥的作物害能提高病虫害侵袭的风险。
为什么要用粪便去给蔬菜施肥？“为什么要用粪便去给蔬菜施肥”
因为经腐熟发酵后的人和动物的粪便，它经细菌充分水解后变成了综合营养成分丰富、而且极容易被蔬菜以及其他植物所吸收，属于有机微酸性肥料（植物几乎都喜欢微酸性肥）。
再则，人和动物的粪便几乎都是植物的种子和枝叶等食物的残渣（肉蛋类食物也是动物吸收植物精华所得来），植物若按通俗说法“吃啥补啥”也相当吻合，故粪便所含有的也是蔬菜等很需要的，因此粪肥理所当然地属于蔬菜很喜欢的养分。
说明：粪肥包含一定的尿液，而尿液含无机盐成分很高呈碱性，但比例相对较少的尿液和属主体的粪便相混合发酵过程中，尿液的碱性被过多的酸性物质所中和，故导致粪便发酵后总体上依然呈弱酸性（中和过程中，尿中的氮素无机养分有一定损失）。故，从肥力保持角度考虑，对尿液宜采用单独储存和作为可调节土壤酸碱的肥料施用（专门施于喜微碱性蔬菜或作为长期施用粪肥蔬菜的偶尔调节施用）。
请参见各种肥料使用造成的蔬菜品质：
①施用微酸性粪肥的蔬菜：柔嫩、清脆、回甜、口感好。（可改良土壤结构）
②施用化肥（多半碱性）的蔬菜：水分含量大、味淡、苦涩、生硬、口感差。（长期施用可破坏土壤结构）
③仅施用尿液的蔬菜：含水量少、墨绿生硬、苦涩、口感差。（唯适合大蒜、韭菜的生长，辣椒增辣）
由于施用不同的肥料，会产生对蔬菜的品质以及对土壤的影响，故而对蔬菜施用农家粪肥很合理。
为什么粪便是植物的营养?粪便是植物的营养，因为粪便本身就是由人吃的植物啊而排泄出来的，它是在人体内发酵的一些人体不能消化的一些食物，所以对于植物来说就可以吸收它。
为什么粪便可以做为肥料给植物？粪便中含有氮、磷、钾及多种微量元素，经发酵可以给植物提供多种营养；在过去没有化肥的时候，人粪尿是上等的肥料。